Размер вреда, причиненного комбинатом озеру, оценен в 11,9 миллиона рублей. Такие цифры были озвучены арбитражным судом Иркутской области после обращения с иском регионального управления Росприроднадзора против БЦБК. Основанием для иска послужило нарушение комбинатом федерального закона «Об охране озера Байкал», а также Постановления Правительства о перечне видов деятельности, запрещенных в центральной экологической зоне Байкальской природной территории.
В ходе проверки, прошедшей в середине июля прошлого года, специалисты установили, что с начала работы комбината 24 мая 2010 года со сбросом сточных вод в озеро Байкал, концентрация загрязняющих веществ, поступающих в озеро, превысила допустимые нормы. В частности, концентрация алюминия в сточных водах превышена в 1,3 раза, сульфат-иона в 1,6—5,4 раза, взвешенных веществ в 1,9-4 раза, ХПК в 2,—5,5 раза, фенолов в 38—68 раз, скипидара в 1,2 раза, нефтепродуктов в 1,1 раза, лигнина в 3,6—15,5 раз.