Ассоциация заповедников и национальных парков создана по итогам совещания директоров особо охраняемых природных территорий Байкальского региона. Структуру организовали представители Байкальского (Республика Бурятия), Сохондинского (Читинская область), Витимского и Байкало-Ленского (Иркутская область) заповедников.
Основными направлениями деятельности некоммерческой организации станут оказание поддержки заповедникам, национальным паркам и другим особо охраняемым природным территориям. А также создание единой системы для сохранения и изучения природных комплексов и экологического просвещения населения. Президентом ассоциации выбран директор Байкало-Ленского заповедника Александр Рассолов.
